在Unity中，如果你希望应用程序以特定的窗口大小而不是全屏运行，可以通过以下步骤进行设置：

### 1. **通过Player Settings设置窗口模式**：
   - 打开 `Edit` 菜单，选择 `Project Settings`。
   - 在 `Project Settings` 中，选择 `Player`。
   - 在 `Player` 设置中，找到 `Resolution and Presentation` 部分。

### 2. **调整默认显示模式**：
   - 在 `Resolution and Presentation` 下，找到 `Default Screen Mode`。
   - 将其设置为 `Windowed`，而不是 `Full Screen`，这样Unity会默认以窗口模式运行。

### 3. **设置窗口的分辨率**：
   - 在 `Resolution and Presentation` 中，你还可以设置窗口的默认分辨率：
     - `Default Screen Width` 和 `Default Screen Height` 可以指定启动时窗口的大小。
     - 例如，设置为 `1024x768`，这将使窗口在启动时以 1024x768 的分辨率打开。

### 4. **通过代码动态调整窗口大小**：
   如果你希望根据需要在游戏运行时改变窗口大小，可以使用以下代码：

   ```csharp
   void Start()
   {
       // 设置窗口大小为 1024x768
       Screen.SetResolution(1024, 768, false);
   }
   ```

   这里，`Screen.SetResolution` 的第三个参数是布尔值，`false` 表示窗口模式（如果是 `true` 则会进入全屏模式）。

### 总结：
1. 在 `Player Settings` 中设置默认为窗口模式（`Windowed`）。
2. 可选择设置默认窗口的分辨率。
3. 如果需要动态调整窗口大小，可以通过 `Screen.SetResolution` 来实现。

通过这些设置，你就能让你的Unity项目在启动时以指定窗口大小而不是全屏运行。